约翰一书的神学、语汇、行文方式与约翰福音一脉相承，例如约翰福音开始讲“太初有道，道与神同在，道就是神”，约翰一书开始讲“论到从起初原有的生命之道”；两卷书都提到光明和黑暗、坚持和放弃、听从神与不听从神、神是爱、基督徒彼此相爱、基督徒与世界的关系等等内容。约翰二书、约翰三书的主题，爱、真理，在约翰一书有着更为详细的阐释。约翰一书的主要难点有二，其一是看似缺乏清晰的逻辑秩序，似乎同样的主题、同样的内容被多次重复，显得冗长、多余。相比保罗书信的清晰逻辑推进，不少读者觉得这卷书读起来混沌，然而就像下面会看到的，约翰并非没有构思一个特定的结构，只不过这不同于我们通常熟悉的结构。其二是某些表述似乎难以理解，例如3:6, 9，“凡住在他里面的，就不犯罪；凡犯罪的，是未曾看见他，也未曾认识他。……凡从神生的，就不犯罪，因神的道存在他心里；他也不能犯罪，因为他是由神生的”，基督徒就不犯罪吗？犯罪了就不是基督徒吗？这些表述应该怎么理解？与主的教导、保罗等其他使徒的教导有区别吗？有不一致的地方吗？对此在具体章节会展开讨论。
全书的总纲在1:1-4，“论到从起初原有的生命之道，就是我们所听见、所看见、亲眼看过、亲手摸过的。这生命已经显现出来，我们也看见过，现在又作见证，将原与父同在且显现于我们那永远的生命传给你们。我们将所看见、所听见的传给你们，使你们与我们相交；我们乃是与父并他儿子耶稣基督相交的。我们将这些话写给你们，使你们的喜乐充足。”这卷书的内容是“从起初原有的生命之道”，目的是“使你们与我们相交；我们乃是与父并他儿子耶稣基督相交的。我们将这些话写给你们，使你们的喜乐充足。”约翰一书阐述了“生命之道”的内涵及意义，包括三个方面：“我们将所看见、所听见的传给你们”，使徒见证和传讲的生命之道；“使你们与我们相交；我们乃是与父并他儿子耶稣基督相交的”，生命之道的意义是与神相交，与神合一，在神里面，这卷书中段的大部分内容（1:5-5:5）是对此的解释，与父、与子、与圣灵；其三，“我们将这些话写给你们，使你们的喜乐充足”，约翰希望基督徒明白这封书信的教导，得以“喜乐充足”，为什么要喜乐充足？
这涉及到这卷书的背景，相当数量的虚伪基督徒进入教会，混淆视听，有些人有名无实（如1:6, 2:4, 9, 15, 3:6），有些人半途而废（如2:19），有些人信奉异端邪说（如2:22-23, 4:1-6），在这些干扰之下，一个基督徒如何知道自己信的是真的，如何确定自己是真的信、真的得救，是关乎生命归宿、生命福祉的核心问题。没有这个确据，一直怀疑自己是否得救、是否真的属神、是否会失去救恩，就没有喜乐、更不可能喜乐充足。所以约翰持续的做出区分，真伪基督徒的区分、真伪之道的区分，二十多次提到“认识”、“知道”，其中绝大多数是关于基督徒确信自己属神的身份，确信自己是真的得救。“我们若遵守他的诫命，就晓得是认识他。……我们知道我们是在主里面。……我们就知道如今是末时了。……你们若知道他是公义的，就知道凡行公义之人都是他所生的。……我们知道，主若显现，……你们知道，主曾显现是要除掉人的罪，在他并没有罪。从此，就显出谁是神的儿女，谁是魔鬼的儿女。……我们因为爱弟兄，就晓得是已经出死入生了。……主为我们舍命，我们从此就知道何为爱……从此，就知道我们是属真理的……我们所以知道神住在我们里面，是因他所赐给我们的圣灵。……从此你们可以认出神的灵来。……从此我们可以认出真理的灵和谬妄的灵来。……神将他的灵赐给我们，从此就知道我们是住在他里面，他也住在我们里面。……神爱我们的心，我们也知道也信。……从此就知道我们爱神的儿女。……既然知道他听我们一切所求的，就知道我们所求于他的，无不得着。……我们知道凡从神生的，必不犯罪，从神生的必保守自己，那恶者也就无法害他。我们知道我们是属神的，全世界都卧在那恶者手下。我们也知道神的儿子已经来到，且将智慧赐给我们，使我们认识那位真实的；我们也在那位真实的里面，就是在他儿子耶稣基督里面。这是真神，也是永生。”（2:3, 5, 18, 29, 3:2, 5, 10, 14, 16, 19, 24, 4:2, 6, 13, 16, 5:2, 15, 18-20）这个确据也体现在基督徒对于将来的盼望，“小子们哪，你们要住在主里面。这样，他若显现，我们就可以坦然无惧，当他来的时候在他面前也不至于惭愧。……这样，爱在我们里面得以完全，我们就可以在审判的日子坦然无惧。”（2:28, 4:17）“坦然无惧”，不是悬而未决、提心吊胆，我们确信今天我们是属神的，确信将来我们是属神的。
本书的结构如下：1:1-4与5:6-12呼应，强调生命之道的真实性，这是基于使徒的见证、三一神的见证，既有人的见证、又有神的见证（5:9）；在此之间，分别从父、子、圣灵的角度解释生命之道的意义，每一个段落都提到归属于神的意义和区别性、神的爱、属神生命、彼此相爱、得救确据、与世界的关系。当然，父、子、圣灵是不可分割的，每个段落内部的主题也环环相扣，以下的结构只是提供一个阅读和学习的基本脉络。最后5:13-21是对前面内容的总结，归结于得救的确据，“我们知道我们是属神的，全世界都卧在那恶者手下。我们也知道神的儿子已经来到，且将智慧赐给我们，使我们认识那位真实的；我们也在那位真实的里面，就是在他儿子耶稣基督里面。这是真神，也是永生。”
